To najstarsze muzeum na terenie Kociewia. Formalnie powstało w 1928 r. z inicjatywy ks. bpa Stanisława Wojciecha Okoniewskiego. Już wcześniej wspomniany duchowny kolekcjonował cenne zabytki pochodzące z całego obszaru ówczesnej diecezji chełmińskiej, które mogły być narażone na kradzieże. Pałac biskupi, wcześniej odpowiednio dostosowany i przebudowany, z biegiem czasu nie był w stanie pomieścić rozrastających się zbiorów. Biskup Okoniewski pragnął wybudować odrębny budynek, który stałby się siedzibą muzeum. Plany te zniweczył jednak wybuch II wojny światowej. Plany o wybudowaniu specjalnego gmachu muzeum ziściły się dopiero w 1988 r. Do budynku trafiła cała kolekcja gromadzona na przestrzeni wielu lat, która do tej pory pozostawała w rozproszeniu. Pelplińskie muzeum może się poszczycić licznymi, cennymi zabytkami dziedzictwa artystycznego kościoła chełmińskiego i pelplińskiego. Do najstarszych z nich należy m.in. krucyfiks z I poł. XIV w. pochodzący ze starogardzkiej fary. Jego cechą charakterystyczną jest sama postać Chrystusa pozbawiona ramion. Kolekcję rzeźb ubogacają także  pomorskie Madonny szafkowe, pełniące niegdyś w wyjątkowych okolicznościach funkcję nastaw ołtarzowych. W zbiorach muzeum znajdują się także przykłady malarstwa od XIV w. aż po czasy najnowsze, w tym dzieła tak wybitnych twórców jak np. Antoni Möller, czy Herman Hann. W zasobach placówki znajdują się liczne zabytki złotnicze: monstrancje, kielichy, relikwiarze. Oprócz tego prezentowane są kolekcje szat liturgicznych oraz tkanin. Jednak najcenniejszym eksponatem znajdującym się w zbiorach muzeum diecezjalnego w Pelplinie jest jedyny w Polsce egzemplarz Biblii Gutenberga. Do współczesnych czasów przetrwało tylko 48 ksiąg, w tym tylko 20 kompletnych egzemplarzy. Wyjątkowość pelplińskiej księgi polega na tym, iż na jednej z kart pierwszego tomu znajduje się odbicie kształtu czcionki. Ta drobna pomyłka drukarska pozwoliła badaczom zrekonstruować czcionkę jaką przed wiekami używał Gutenberg. Na szczególną uwagę zasługuje też oryginalna, XV-wieczna oprawa księgi, wykonana przez mistrza Henryka Costera z Lubeki. Ponadto ciekawe są dzieje księgi. Gdy wybuchła II wojna światowa Biblię przetransportowano do Warszawy, a następnie do Paryża, stamtąd w 1940 roku przewieziono ją do Londynu, a później do Kanady. Do Polski, a dokładniej do Pelplina księga wróciła dopiero w 1959 roku.