Świątynia stanowi pamiątkę po obecności franciszkanów w miasteczku, którzy osiedlili się w Nowem nad Wisłą w 1282 roku. Innych śladów nieistniejącego już konwentu próżno szukać. Najstarszymi elementami świątyni należącej niegdyś do zakonników jest prezbiterium oraz krypta datowana na pocz. XIV wieku. Pomieszczenie to, według niektórych hipotez miało być miejscem ostatniego spoczynku rodziny Święców, która była związana z regionem.  Zakon Braci Mniejszych w Nowem przetrwał do XVI wieku. W 1604 roku za sprawą Jerzego Konopackiego, wojewody chełmińskiego, osiedlili się w tym miejscu bernardyni. Zakonnej świątyni nie ominęły pożary, zniszczenia wojenne oraz przebudowy. W ciągu swej wieloletniej historii sam klasztor pełnił różne funkcję. W początku XIX wieku użytkowany był przez wojska francuskie jako szpital, co wpłynęło na pogorszenie stanu obiektu. Przyczyniło się to do ostatecznego zniesienia klasztoru w 1823 roku. Zabudowania trafiły w ręce gminy ewangelickiej w wyniku czego świątynię zamieniono w zbór, a klasztor poddano rozbiórce w 1844 roku. Dawna świątynia zakonna uległa poważnemu pożarowi w 1899 roku, a przeprowadzone prace remontowe nadały jej neogotyckich cech. Po II wojnie światowej obiekt służył młodzieży jako kościół katolicki. Natomiast w późniejszych latach mieścił się tam magazyn miejscowej fabryki mebli. Świątynia została po raz kolejny konsekrowana w 1984 roku p.w. św. Maksymiliana Marii Kolbego. Obecnie kościół ten jest świątynią filialną parafii farnej p.w. św. Mateusza w Nowem.